Fungsi gugus pelindung adalah untuk mengisolasi gugus fungsi tertentu selama proses sintesis, melindunginya dari gangguan, dan hanya menghilangkan gugus pelindung setelah menyelesaikan reaksi tertentu untuk mengembalikan aktivitas molekul target. Proses menghilangkan gugus pelindung biasanya memerlukan kondisi ringan untuk menghindari kerusakan molekul target. Misalnya, metode menghilangkan ROH dari alkohol yang dilindungi biasanya dengan menghasilkan eter (ROR') atau ester (ROCOR'), dan kemudian menghidrolisis atau mengasamkannya dalam kondisi yang sesuai.
Singkatnya, peran gugus pelindung dalam sintesis PNA sangat penting, karena memastikan sintesis molekul kompleks yang efisien, menghindari reaksi non-target, dan dapat dihilangkan secara selektif bila diperlukan untuk mendapatkan produk PNA yang dimurnikan.